马来酰亚胺是最常用的巯基标记基团，即使在中性条件下马来酰亚胺也可以与生物分子中的巯基反应，形成的硫醚键非常稳定，并且马来酰亚胺比碘代乙酰胺的稳定性好。最佳反应pH为7.0左右。