Cy5.5游离酸，可以用做荧光标定，蛋白、多肽等标记，活体成像等。脂性Cy5.5染料及其衍生物，常被应用于生物分子标记，荧光成像及其他荧光生物分析。它们广泛用于标记多肽、蛋白质和核酸等。